ساختار سازمانی جهاد دانشگاهی به عنوان یک نهاد فرهنگی و پژوهشی در ایران شامل چندین بخش و واحد اصلی است که به فعالیت‌های آموزشی، پژوهشی و فرهنگی می‌پردازد.